一、化学药物防治

    浸泡法：在发病季节用200ppm以上的福尔马林、淡水或3ppm以上的硫酸铜浸泡生产工具或养殖设施（包括水泥池）8小时以上，可以杀灭离体阶段的刺激隐核虫，能有效防治刺激隐核虫的水平传播。
    挂瓶杀虫法：晚上在网箱四周，用硫酸铜、硫酸亚铁合剂挂瓶，杀灭幼虫。
　　
　　二、中草药防治
　　内服法：（1）在刺激隐核虫病易发季节，连续投喂含雷丸、槟榔、乌梅和贯众的饲料（每种中草药含量为2克/公斤饲料）7天以上，可以起到有效的预防和治疗作用。（2）青蒿末拌饲投喂，用法用量按照说明书使用。
    全池泼洒：在刺激隐核虫病易发季节，全池泼洒煮沸1小时的雷丸、槟榔、乌梅和贯众（每种中草药含量为1克/立方米水体），连续7天以上，可以起到有效的预防和治疗作用。

　　三、生态防治
　　1、换水法：在封闭式的水环境，如玻璃缸、养殖桶、水泥池、池塘或室内鱼池等，必须在刺激隐核虫病发生的早期进行大量换水，最好每日换水量达到3/5以上，连续2周。换水时水源要清洁无污染，进水口需要有过滤设备过滤掉杂鱼、虾和水草杂物，因为刺激隐核虫胞囊常常是随这些东西带进池塘的。
　　2、换池法：对于养在玻璃缸、养殖桶、水泥池、小水塘中的鱼苗和成鱼，可以根据其生活特性，采取“换池”方法防治刺激隐核虫病。该方法简单易行且效果显著，对工厂化养殖鱼类特别有效，且在水温24℃-32℃时都可采用。具体操作步骤：1.准备一个大小合适的容器(如玻璃缸、养殖桶、水泥池、小水塘等)，用200ppm以上的福尔马林、淡水或2ppm以上的硫酸铜浸泡8小时以上，然后换入干净的养殖用水；2.将被刺激隐核虫感染的鱼移入处理干净的容器中暂养，同时对原来的养殖池进行消毒处理；2天后检查鱼体表和鳃，如发现寄生虫完全脱落，就可以把鱼放入原池中正常养殖。