一、农业防治
（一）选用抗（耐）病的丰产良种。抗晚疫病的秋延后番茄可选用中蔬4号、强丰、佳粉10号等，冬春茬番茄可选用早丰、早魁、丽春等早熟品种；抗病毒病的秋延后番茄可选用强丰、中蔬4号、5号、毛粉802、毛粉808、毛粉818等，冬春茬番茄可选中杂4号、佳粉1号、西粉3号等；抗早疫病的，可选用强丰、西粉3号、皖红1号等；抗叶霉病的，可选双抗2号、佳红等。这些品种具有较好的丰产性和抗（耐）病性，可因地制宜选用不同品种。

二、生物防治
（一）以虫治虫。自然界中天敌的种类很多，如瓢虫、草蛉、食蚜蝇、寄生蜂、寄生蝇等，它们可以捕食或寄生蚜虫、粉虱、地老虎、棉铃虫、烟青虫的成虫、卵、幼虫（若虫）和蛹。
（二）以菌治虫。如白僵菌、青虫菌、杀螟杆菌、Bt乳剂、农用链霉素、新植霉素、5%的井冈霉素、氯霉素等，能防治番茄上的多种病虫。
（三）利用黄黏板、黄黏筒、银灰色膜来诱杀蚜虫、自粉虱的成虫。还可利用防虫网，来防治多种害虫。

三、药剂防治
（一）防治害虫。在害虫的低龄阶段喷药，使用药剂可选择2．5%的敌杀死乳油2000倍液，或200%的速灭杀丁乳油2000倍液，或200%的灭扫利乳油2000倍液。
（二）防治病害。在病害发病初期喷药，使用的药剂有65%的甲霉灵600倍液、50%的多霉灵700倍液、64%的杀毒矾500倍液、58%的瑞毒锰锌600倍液、50%的农利灵1000倍液、50%的敌菌灵500倍液。喷药后应注意放风降湿，并适当控制浇水。也可每亩地用10%的速克灵、45%的百菌清烟剂250～300克，棚内分布8～10个点，用暗火点烧后封闭大棚，熏烟3～4小时进行防治。